### 研究背景
Olink鄰位延伸分析（Proximity Extension Assay, PEA）技術非常適合對人類和小鼠模型中的類器官、誘導多能干細胞（iPSC）、細胞系和條件培養基進行高質量的多重蛋白質分析。PEA技術通過兩個與寡核苷酸偶聯的抗體同時結合在目標蛋白的鄰近位點，使得寡核苷酸能夠雜交并形成獨特的DNA模板，從而通過qPCR進行擴增和最終檢測。這項技術在多種樣本基質中表現出色，僅需1μL樣本即可，從而能夠從人類和動物細胞系中提取出寶貴的見解，支持包括CRISPR基因編輯研究在內的多種應用，而不影響數據質量。
鑒于腸上皮細胞（IEC）的增殖率較高，腸道易受到化療引發的損傷，而腸上皮的損傷會影響T細胞行為，其具體機制尚不明確。本研究中，作者使用基于人類腸道類器官的損傷模型，探討了化療引起的腸上皮損傷對T細胞行為的直接影響。對化療損傷和未處理類器官培養基進行PEA蛋白組學分析，為后續CRISPR機制研究提供指導。
化療暴露后類器官培養基的蛋白組學分析為后續CRISPR實驗的信息生成提供了依據，旨在評估間質損傷誘導的T細胞活化機制。Gal-9被認為是腸道損傷和炎癥的潛在生物標志物，也是一種可能的治療靶點。隨后的研究利用抗Gal-9阻斷抗體或CRISPR/Cas9介導的Gal-9敲除技術，成功阻止了腸道類器官損傷引發的T細胞增殖、干擾素-γ釋放和遷移，從而為治療干預提供了新的策略。
蛋白組學在CRISPR研究中提供了重要的分子信息。一項流行病學研究表明，**俄羅斯專享會294**用戶的心血管疾病（CVD）風險增加，但其機制尚不明確。Δ9-四氫大麻酚（Δ9-THC）作為大麻中的主要精神活性成分，與血管中的大麻素受體1（CB1/CNR1）結合，與心血管疾病相關。基于英國生物樣本庫（UKB）數據的分析顯示，**俄羅斯專享會294**用戶的心肌梗死風險高于非使用者。此外，Olink蛋白組學Target96炎癥面板發現與動脈粥樣硬化和心血管疾病風險相關的細胞因子和趨化因子的顯著增加。
通過計算機模擬，確認染料木黃酮（一種在大豆中大量存在的異黃酮）能夠與CB1受體結合并抑制其活性。利用人類誘導多能干細胞衍生的內皮細胞，通過NF-κB信號傳導模擬Δ9-THC誘導的炎癥和氧化應激。使用siRNA、CRISPR干擾及染料木黃酮敲低CB1受體，可以減弱Δ9-THC的影響。
伴放線菌聚集桿菌（Actinobacillus actinomycetemcomitans）是導致牙周病的主要病原體，引發強烈的免疫反應以推動疾病進展。NLRP3炎癥小體與牙周病的發展密切相關，但在感染期間這些相關蛋白如何調節免疫反應仍不清楚。本研究探索了caspase-1、caspase-4和NLRP3如何調控在伴放線菌聚集桿菌感染期間牙齦上皮細胞的免疫反應。研究團隊利用CRISPR/Cas9創建了缺乏NLRP3、caspase-1或caspase-4的人類牙齦上皮細胞（Ca9-22），并采用PEA技術對CRISPR編輯的牙齦上皮細胞在伴放線菌聚集桿菌感染后的蛋白組學進行了分析。
相比NCTC9710菌株，JP2菌株HK1651誘導的IL-1β和IL-1RA釋放水平更高，且伴隨更多上皮細胞死亡，這些發現依賴于caspase-1、caspase-4和NLRP3。對炎癥相關蛋白的靶向分析表明，與未受刺激的Cas9和NLRP3缺陷細胞相比，HK1651感染后37種蛋白的表達顯著改變。這些研究通過CRISPR基因編輯和蛋白組學分析相結合，闡明了NLRP3在伴放線菌聚集桿菌感染過程中的關鍵作用，強化了NLRP3在調節伴放線菌聚集桿菌感染期間免疫反應中的重要性。
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