校正染料(ROX)在生物醫學實驗中扮演著重要角色，它能夠有效校正樣品添加誤差以及孔與孔之間的差異，提供一個穩定的基線。這一特性顯著提升了定量分析的精確度，并改善了重復實驗的數據重現性。需要注意的是，不同的實驗儀器可能對ROX的需求有差異。
在基線PCR的初始循環中，熒光信號幾乎沒有變化，閾值能夠被認為是可信的最小熒光值。CT值指的是擴增曲線與閾值交點的橫坐標。
結果有效性判斷
在分析結果時，需要關注融解曲線是否單峰（染料法），擴增曲線的指數擴增區域，以及復孔間CT值標準差是否小于0.2。合理的閾值應位于指數增長期，盡管儀器通常會自動進行閾值計算，但在某些情況下可能需要手動調整以確保準確。
通過NTC（無模板對照）可以確認實驗中無氣溶膠污染。若ΔCT=NTC(CT值) - 目的基因(CT值) ≥ 3或≥ 5，則說明氣溶膠污染不會影響實驗結果的準確性。另一方面，通過NRT（無逆轉錄對照）可以驗證體系中是否存在基因組殘留，如果ΔCT=NRT(CT值) - 目的基因(CT值) ≥ 3或≥ 5，則表示基因組殘留不會干擾實驗結果的可靠性。
待測CT值需處于線性范圍內，并且擴增效率應符合標準，即PCR擴增效率(e)應在90%-120%之間。
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