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單細胞分析常見問題解答 - 俄羅斯專享會294

發布時間:2025-03-14   信息來源:謝之良

Q1 生命科學中的單細胞測序原理

單細胞分析常見問題解答 - 俄羅斯專享會294

10xGenomics技術是一種開創性的單細胞測序方法,能夠在單細胞分辨率下獲取基因組、轉錄組以及表觀組的數據。其原理主要包括以下幾個關鍵步驟:

1. 單細胞懸浮液制備:首先,將組織或細胞樣本處理為單細胞懸浮液,通常通過機械或酶法完成。

2. 微滴封裝:單細胞懸浮液與特定的凝膠珠混合,這些凝膠珠帶有獨特的分子條形碼。利用微流體技術,將單個細胞與一個凝膠珠一起封裝在微滴中,理想情況下每個微滴僅包含一個細胞和一個凝膠珠。

3. mRNA捕獲與條形碼標記:細胞在微滴中裂解,釋放出mRNA,mRNA與凝膠珠上的寡核苷酸探針結合。這些探針配備聚A尾,有助于與mRNA的3'端結合。通過這一結合,mRNA被帶有特異性條形碼和獨特分子標識符(UMI)的探針捕獲,UMI能消除PCR擴增帶來的偏差,提供更精確的原始mRNA分子數量估計。

4. 逆轉錄與擴增:捕獲的mRNA逆轉錄成cDNA,并在微滴中經過PCR擴增,細胞特異性條形碼和UMI得以保留并擴增至每個cDNA分子上。

5. cDNA文庫制備:擴增后的cDNA從微滴中收集,構建測序文庫。此文庫包括帶有細胞特異性條形碼和UMI的cDNA分子。

6. 高通量測序:使用高通量測序平臺(如Illumina)對cDNA文庫進行測序,測序數據可用于后續分析,例如基因表達水平、異質性和細胞亞群鑒定等。

7. 數據分析:對測序數據處理和分析,將讀取(reads)分配給不同細胞,并基于UMI估算基因表達量。此外,數據還可用于進一步的生物信息學分析,如細胞聚類、差異表達基因的發現以及細胞間相互作用的研究。

Q2 單細胞測序與轉錄組測序的可重復性與指導意義

單細胞測序和轉錄組測序在生物醫學研究中具有顯著價值,提供了細胞和組織的詳細信息。在評估這些技術的可重復性和指導意義時,需關注以下幾個方面:

1. 可重復性:確保單細胞測序和轉錄組測序結果的可重復性需要技術的成熟性及嚴格的實驗操作。實驗設計、樣品制備、測序平臺以及數據處理流程的每個環節都可能影響實驗結果。因此,研究者需嚴格控制實驗流程以確保可重復性。

2. 生物學背景:充分理解研究的生物系統和問題背景,有助于單細胞測序和轉錄組測序的指導意義。相關的信息涉及基因表達和調控,研究者需具備相應領域知識來解析數據并得出結論。

3. 數據解析與解釋:數據分析和解釋在單細胞測序和轉錄組測序中至關重要。選擇合適的分析方法和準確解釋結果對實驗結果的指導意義十分關鍵。研究者需使用驗證過的分析工具和流程,根據具體研究問題調整參數。

4. 整合其他數據類型:單細胞測序和轉錄組測序提供基因表達信息,但通常需要結合其他數據類型(如基因組、表觀組與蛋白質組數據)以更全面理解生物過程。通過數據整合,研究者可以更深入地探索基因調控與功能,提高研究的指導意義。

整體而言,單細胞測序和轉錄組測序在生物醫學研究中具備重要的指導意義。然而,確保技術的可重復性與指導意義,需要注重實驗設計、數據處理及生物學背景等方面。通過嚴謹的實驗操作與合理的數據解析,這些技術為我們揭示生物系統提供了寶貴的見解。

Q3 單細胞質譜流式技術分析中的體積與尺寸測量原理

單細胞質譜流式技術(CyTOF)融合了流式細胞術與質譜技術,主要用于分析細胞表面及內部分子。流式細胞術能夠測量細胞的體積和尺寸,其原理主要包含以下幾點:

1. 前向散射(FSC):FSC與細胞大小相關。當激光束照射至細胞時,細胞會將部分激光前向散射。較大的細胞會散射更多光,因此FSC常用于估算細胞大小。

2. 側向散射(SSC):SSC衡量細胞的復雜性或顆粒度。激光照射細胞后,細胞內部顆粒會將光向側面散射,SSC可用于估算細胞的顆粒度或內部結構復雜性。

3. 染料測量:某些流式細胞術使用染料測量細胞體積。這些染料特異性與細胞質結合,結合量與細胞體積成正比,通過測量熒光強度可估算細胞體積。

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